Isartal
Die Isar, die in den Alpen entspringt, durchfließt den Landkreis von Südwesten nach Nordosten. Sie ist verantwortlich für die einmalige Artenzusammensetzung in einigen Gebieten des Landkreises, z.B. in der Garchingr Heide, da sie als Einwanderungsweg für viele alpine Arten wie den stengellosen Enzian (Gentiana clusii) und mediterrane Arten wie das Heideröschen (Daphne cneorum), diente. Früher war sie ein gewundener Fluss mit zahlreichen Seitenarmen, großen Abflussschwankungen, natürlichen Überschwemmungsgebieten und mit breiten, vegetationsfreien Kiesbänken. Durch eine extreme Überprägung hat der Mensch diese natürliche Flusslandschaft in den letzten zweihundert Jahren jedoch stark verändert. Der Fluss wurde begradigt, in Uferbefestigungen gezwängt, aufgestaut und durch die Ausleitung großer Wassermengen zur Energiegewinnung genutzt. Somit wurde die natürliche Flussdynamik von Grund auf geändert und neue Lebensbedingungen für Tiere und Pflanzen geschaffen.
Durch den Verlust der Auendynamik, also durch das Ausbleiben regelmäßiger Überschwemmungen, sind viele auf eben diesen Vorgang angewiesene Arten stark gefährdet. Hier stellt die Strecke zwischen Marzling und Moosburg eine bedeutende Ausnahme dar. Nur mehr hier findet man die typische Auendynamik mit zeitweisem Hochwasser und schwankendem Grundwasserspiegel.
Durch die fehlenden Überschwemmungen gelangen auch kaum organische Nährstoffe in Form von Biomasse aus den Auwäldern in den Fluss, was zu völlig neuen Nahrungsverhältnissen im Gewässer führt. Die vegetationsarmen Kiesbänke, die früher durch die wechselnde Strömungskraft des Wassers oft überformt und verlagert wurden, verschwinden oder wachsen zu. Dadurch verliert zum Beispiel die Fluss-Seeschwalbe an Lebensraum, die nun deutlich weniger Brutplätze findet. Außerdem wird sie häufig von Erholungssuchenden gestört, die trotz Verbotsschilder die Kiesbänke betreten. Diese Störungen können sogar so weit führen, dass die Tiere ihre Nester aufgaben.
Die Stauseen halten das Geschiebe zurück, das der Fluss mit sich führt. Somit gräbt sich die Isar immer tiefer in ihr Bett, woraufhin der Grundwasserspiegel sinkt. Durch den Aufstau und die Begradigung kommt es auch zu einer langsameren Fließgeschwindigkeit, und einer Erhöhung der Wassertemperatur. Dies betrifft vor allem die Fische. Viele heimische Arten wie die Koppe, der Steinbeißer und die Rußnase sind bereits ausgestorben. Die Bestände von Huchen und Rutte sind bedroht.
Früher gehörten Magerrasen, wechselfeuchte Streuwiesen und lichte Buschwälder ebenfalls zur Wildflusslandschaft der Isar. Durch Nutzungsaufgabe (früher Beweidung) und Aufforstungen wachsen diese aber nach und nach zu. Der Landschaftspflegeverband bemüht sich, einige dieser artenreichen Flächen zu erhalten. Besonderes Augenmerk des Verbandes liegt hierbei auf der Dietersheimer Brenne, der Grünseiboldsdorfer Au und der Sempter Heide, ehemalige Viehweiden, die besonders wertvolle Flächen darstellen. Auch auf den Hochwasserdämmen, die das Überschwemmungsgebiet eingrenzen, haben sich wertvolle Magerrasen angesiedelt, wodurch die Dämme wichtige Vernetzungsachsen für diesen Lebensraumkomplex bilden.
Nichts desto trotz besitzt der Landkreis einen großflächig ausgeprägten Auenkomplex, der zu den besterhaltenen in Bayern gehört. Besonders im Abschnitt zwischen Freising und Moosburg sind die Isarauen noch von weitgehend naturnahen, unverbauten Flüssen und Bächen durchzogen. Durch den Verlust der Auendynamik ist dieser Lebensraum jedoch stark gefährdet.
Für die weitere Entwicklung der Isar ist es wichtig, sowohl die Durchlässigkeit für Geschiebe als auch die biologische Durchlässigkeit wieder herzustellen, Erosion zuzulassen und die natürliche Auendynamik mit ihren Überflutungsflächen wieder herzustellen. Dies hilft die natürliche Artenvielfalt zu erhalten und ist auch eine wirksame Maßnahme zur Verringerung der für den Menschen Schaden verursachenden Hochwässer.
Der Auwald ist ein natürlicher Überflutungsraum der Isar. Wechselnde Wasserstände gehören zum natürlichen Rhythmus der Jahreszeiten, sie können in der Regel nicht oder nur mit erheblichem finanziellen Aufwand verhindert werden. Deshalb ist es wichtig, dem Fluss auch einen gewissen Raum zuzugestehen, in dem er sich ausbreiten kann.